傳統上，安土桃山戰國時期的藤原惺窩（1561-1619，本姓冷泉）被視為日本朱子學的鼻祖。惺窩不但是哲學家，也是文學家、詩人和徘人。由其復古姓氏「藤原」可知，惺窩是公家後人，屬於藤原族的分支冷泉家。然而，其所屬的公家下冷泉家在戰國時期已家道中落。年少時曾入臨濟宗的相國寺為僧，兼習儒佛。本欲渡海到大明學習儒學，卻沒成功。最終透過因壬辰倭亂而於1597至1600年被擄到日本的朝鮮儒者姜沆（1567-1618）會面，從他那裡學習朝鮮朱子學李退溪（1501-1570）的主理說，便棄佛歸儒、崇儒斥佛，因而把朱子學引入日本，亦象徵日本儒學正式脫離佛學而自立。其著作包括《寸鉄録》（1606）及《大学要略》（1630）及《文章達徳綱領》（1639）等。
然而，此說實為有誤。故然，藤原惺窩透過姜沆引進儒學，實為日本儒學史上的一大突破；然而，首先，藤原惺窩到底是儒佛習合還是崇儒斥佛實有爭議；其次，藤原惺窩亦非獨尊朱子學，實兼習陽明學甚至實學，跟後來日本古學有相通之處，故簡單將藤原惺窩劃歸日本朱子學者實有不妥；藤原最多只可以視為宋明理學及心學的引進者，以及儒佛分離的始祖：因為在惺窩以前，日本人如欲學習儒學，得透過佛門接觸漢唐經學，然而自惺窩以後，儒學就獨成一學，甚至與佛教對立。
藤原惺窩棄佛歸儒一形象，大抵出自姜沆的〈惺齋記〉對惺窩的誇獎。姜沆讚揚惺窩：
始於佛老之學，得箇昭昭地，以其心迹背馳，終棄去不為；而因科載遺經，繹千載之絕縮，湥造獨詣，旁搜遠紹，自結繩所替，龍馬所載，神龜所負，孔聖所籍，迄乎濂洛關閩性理諸書，靡不貫穿馳騁，洞念曉折。
後來姜沆為藤原的名著《文章達德綱領》作序（此時姜應已歸國），姜沆又言：
其為學也，不局小道，不因師傳。因千載之遺經，繹千載之絕緒。深造獨詣，旁搜遠紹，自結繩所替，龍馬所載，神龜所負，孔壁所藏。迄廉洛關閩紫陽金溪北許南吳敬軒敬齋白沙陽明等性理諸書，靡不貫穿馳騁洞念曉折。一切以擴天理收放心，為學問根本。
由此看見，惺窩並非獨尊朱子學，而是程朱陸王，唐學宋學皆有涉獵，博學多才。身為朱子學者的姜沆，未有基於門戶之見或國族矛盾而貶低惺窩，反而稱揚惺窩博覽群書、學識淵博，足見姜沆的氣度與見識。
然而，對於其他保守的朝鮮朱子學者來說，惺窩對不同學說的兼容並包並非優點，而是缺點。在壬辰倭亂爆發、姜沆被擄日本之前，1590年朝鮮通信使、退溪學者柳希春（1513-1577）的大弟子許筬（1548-1612）在京都與惺窩筆談後，如此批評惺窩：「孔子曰，道不同不相為謀，孟子曰，能言拒楊朱者聖人之徒也，子釋氏之流，而我聖人之徒，方當拒之至不暇，而反為道不同者某焉。」不過許筬如此嚴厲的批評未必是由於惺窩兼習經學與心學，而可能是由於當時惺窩依然未脫離佛學的影響。佐藤貢悅因而推斷，在壬辰倭亂之前的惺窩仍儒佛習合，直到十年後才發生棄佛歸儒。
惺窩的弟子一直認為惺窩後期已完全「棄佛歸儒」。林羅山在〈惺窩先生行狀〉記載慶長五年（1600）惺窩身穿道服謁見德川家康時，遇見昔日出家時認識的和尚，被對方諷刺他「棄真入俗」， 惺窩卻反駁：「自佛者言之，有真諦，有俗諦，有世間，有出世，若以我觀之，則人倫皆真木，未聞君之謂俗也！我恐憎徒乃是俗也。聖人何廢人間世哉？」林羅山又言，「先生以為，我就從事於釋氏，然有疑於心，讀聖賢書，信而不疑，道果在茲，豈人倫外哉，釋氏既絕仁種，又滅義理，是所以以為異端也。」由此看來，晚年惺窩已明顯棄佛歸儒。
不過，佐藤指出兩點：一、雖然惺窩聲稱拒絕佛教，卻未有脫離禪宗框架；二、惺窩雖然透過姜沆向日本人介紹了朱子學及退溪學，例如曾論及李退溪的《天命圖說》，但在注疏《大學》「大學之道，在明明德，在親民，在止於至善」一句時，卻是引用明朝三教一致論者林兆恩（1517-1598）的注疏。佐藤引用惺窩的《大學要略》為：「在明明德者，明德為君臣父子夫婦長幼朋友之五倫之五典也，上之明字，有明發教導之心，於有不從五典者，有刑與兵，小事則刑，大事則兵也。」
若對照孔穎達疏、朱熹疏及林兆恩疏，則可發現，孔穎達解「明」為彰顯，朱熹解之為明白，但林兆恩卻以五倫解之：
鄭玄注：「明明德」，謂顯明其至德也。止，猶自處也。得，謂得事之宜也。
孔穎達疏：「在明明德」者，言「大學之道」，在於章明己之光明之德。謂身有明德，而更章顯之，此其一也。
朱熹注疏：明，明之也。明德者，人之所得乎天，而虛靈不昧，以具眾理而應萬事者也。但為氣稟所拘，人欲所蔽，則有時而昏；然其本體之明，則有未嘗息者。故學者當因其所發而遂明之，以復其初也。
林子曰：明德也者，顯道也。書曰：「天道顯道，厥類惟彰。」君臣之義，父子之仁，夫婦之別，長幼之序，朋友之信，天敘天序，燦爛而彰明也。故大學之道，在明明德。林子曰：德本明也，而曰明明德者何也？蓋欲明詞明德於家國天下而見之於行也。
佐藤認為，受林兆恩啟發，惺窩以五倫解明德，因而有倫理實踐或「實學性的傾向」，反而對理、氣等議題的關心較少。然而，由於林兆恩是三教一致論者，而惺窩卻崇儒斥佛，因此惺窩陷入一矛盾。佐藤斷定惺窩之所以採納林兆恩一說，是因為兩者皆立足於心學，「從心學和禪學的延續性考慮的話，惺宮終生是無法從內心徹底清除禪學對他思想的巨大影響。」可是佐藤的推論實有問題：首先，惺窩接受林子「以五倫解明德」的實學面向，最多只能支持惺窩與林子對實學有共同關懷，因此惺窩採納林疏而非朱疏，不必等同惺窩接受林子的三教一致論及心學。其次，「心學和禪學的延續性」本身就是一個極具爭議的議題：到底心學是否來自禪學，在中國哲學就引起牟宗三與謝扶雅的論爭（謝扶雅認為心學出自禪學，牟宗三卻堅持心學只是對孔孟之學的發揮，儘管他自己解構新儒家時也用了佛教的《大乘起信論》）。所以，佐藤以林子對惺窩的影響而斷言惺窩接受了心學和禪學，尚欠充分證據。
為了推廣儒學，惺窩本人也寫了不少以武士為對象的儒學教科書，並成為豐臣秀吉和德川家康的儒學教師。據稱《千代もと草》及《仮名性理》為其所作。雖然和辻哲郎對此表示懷疑，但是桑原鷲峯（1820-1867）在校對再版《仮名性理》所寫的序斷定此是惺窩的作品。無論如何，惺窩被視為日本儒學史裡儒佛分離的始祖以及宋明理學的引進者。
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